El 15 de junio de 2025, Teherán fue sacudida por un nuevo ataque aéreo israelí contra la sede del Ministerio de Defensa iraní. Según la agencia de noticias iraní Tasnim, el ataque dañó un edificio administrativo en el distrito de Nobaniad y también la Organización de Investigación e Innovación de Defensa (SPND), vinculada al programa nuclear. El ataque formó parte de una operación israelí más amplia, denominada "Trueno de Yahvé", lanzada en respuesta a una serie de ataques con misiles iraníes contra Tel Aviv y Haifa que causaron la muerte de cinco personas y heridas a más de 200.

Según Reuters, la Fuerza Aérea Israelí utilizó misiles de precisión y drones para atacar más de 150 objetivos en Irán, incluyendo depósitos del CGRI y aeródromos militares. Las Fuerzas de Defensa de Israel (FDI) afirmaron que el ataque tenía como objetivo socavar las ambiciones nucleares de Irán y destruir la infraestructura relacionada con la producción de misiles balísticos. Sin embargo, las autoridades iraníes afirman que los daños fueron mínimos y que sus sistemas de defensa aérea interceptaron la mayoría de los misiles. No obstante, imágenes del lugar publicadas en el canal de Telegram Haqqin.az muestran humo sobre Teherán y destrucción en la zona del Ministerio de Defensa.

Irán respondió al ataque con una nueva oleada de ataques con misiles contra Israel. Según el Times of Israel, se dispararon alrededor de 100 cohetes, incluidos los de tipo Emad y Khyber Shakan, contra Tel Aviv, Haifa y Jerusalén. Una mujer murió en Bat Yam y varias viviendas resultaron dañadas en Rehovot. Las defensas aéreas israelíes interceptaron cerca del 70% de los cohetes, pero la destrucción provocó protestas contra el gobierno de Netanyahu, acusado de no proteger a la población.